从南京自驾去新疆，最短路线通常是经过河南、陕西、甘肃、青海等省份，以下是推荐的路线：
1. 南京出发，沿G25长深高速往北行驶，经过江苏、安徽、河南、陕西。
2. 在陕西西安附近，沿G30连霍高速往西行驶。
3. 沿G30继续西行，途径甘肃、青海，最终到达新疆。
具体路线如下：
南京 徐州 濮阳 郑州 三门峡 渑池 西安 宝鸡 天水 兰州 张掖 敦煌 哈密 吐鲁番 乌鲁木齐
全程约2800公里，预计行驶时间约30-40小时，具体时间根据路况和个人驾驶习惯而定。在自驾过程中，请注意安全，合理安排休息和加油。同时，由于新疆地域辽阔，部分地区可能路况较差，建议提前了解当地路况，做好充分的准备。
