南通到南京的自驾过路费取决于您选择的路线以及所经过的具体路段。以下是一些常见的路线及相应的过路费估算：
1. G2京沪高速：
从南通出发，沿着G2京沪高速前往南京。
过路费大概在80-100元之间，具体费用取决于具体路段和车型。
2. G25长深高速：
从南通出发，沿着G25长深高速前往南京。
过路费大概在100-120元之间。
3. G15沈海高速：
从南通出发，沿着G15沈海高速前往南京。
过路费大概在80-100元之间。
请注意，以上费用仅供参考，实际过路费可能因车型、时间段（如节假日）、优惠政策等因素有所不同。以下是一些可能影响过路费的因素：
车型：不同车型可能适用不同的收费标准。
时间段：节假日、高峰期等时段的收费标准可能较高。
优惠政策：部分地区可能对特定车型或时间段实行优惠政策。
为了获取最准确的过路费信息，建议您在出行前通过以下途径查询：
高速公路官方网站：各大高速公路运营公司通常会在其官方网站上公布详细的收费标准。
导航软件：如高德地图、百度地图等，在输入起点和终点后，导航软件会自动计算过路费。
高速公路收费亭：在高速公路入口处，收费亭会提供详细的收费标准。
希望以上信息对您有所帮助！祝您旅途愉快！
