南京作为中国历史文化名城，拥有丰富的历史遗迹和美丽的自然风光。三天的时间，您可以考虑以下热门景点进行自驾游：
第一天：市区文化游
1. 中山陵：作为中国近代伟大的民主革命先行者孙中山的陵墓，是南京的标志性建筑之一。
2. 明孝陵：明朝开国皇帝朱元璋和其皇后的陵墓，也是世界文化遗产。
3. 南京总统府：这里是近代中国多个政权的办公地，了解近代历史的好去处。
第二天：历史文化游
1. 夫子庙秦淮风光带：包括夫子庙、秦淮河、白鹭洲公园等，可以感受古都的文化氛围。
2. 老门东历史文化街区：这里有众多保存完好的明清建筑，可以体验老南京的生活风情。
3. 南京大屠杀纪念馆：缅怀历史，勿忘国耻。
第三天：自然风光游
1. 紫金山天文台：不仅可以欣赏紫金山的美景，还可以了解天文知识。
2. 南京城墙：感受古城墙的雄伟，了解南京的历史。
3. 雨花台：这里是新民主主义革命时期的重要战场，也是红色旅游的好去处。
