日本飞机在进出中国时，需要准备以下证件：
1. 飞行计划书：包括飞机的注册号、机型、航路、预计起飞和降落时间等详细信息。
2. 航空器国籍登记证：证明飞机的国籍。
3. 无线电呼号许可证明：证明飞机有合法的无线电呼号。
4. 机组人员名单：包括机长、副驾驶、乘务员等所有机组人员的姓名、国籍、执照等级等信息。
5. 旅客名单：包括所有旅客的姓名、国籍、护照号码等信息。
6. 货物清单：包括货物的种类、数量、重量等信息。
7. 飞机维修记录：证明飞机在最近一段时间内进行了必要的维修和检查。
8. 国际航空运输协会（IATA）的航空运输许可证：如果飞机涉及国际运输，需要提供。
9. 其他相关文件：根据具体情况，可能还需要提供其他相关文件。
请注意，这些证件要求可能会根据实际情况和规定有所变化，建议在出行前咨询相关部门或航空公司获取最新的信息。
