从新宿到由布院，您可以选择以下几种交通方式：
1. 新宿站出发的JR列车：
您可以从新宿站乘坐JR长野新干线前往上野站，然后换乘JR上野线前往前桥站。
在前桥站换乘JR上越线，直达由布院站。
2. 新宿站出发的高速巴士：
也可以选择乘坐高速巴士，从新宿站出发，直接前往由布院。这种交通方式通常比火车快，但可能需要更长的等待时间。
3. 利用JR东日本和JR西日本的车票：
如果您购买的是JR东日本和JR西日本的联合车票（JR Pass），那么您可以直接使用这张车票在JR线路上旅行，包括上越线。
以下是一个大致的时间表和步骤：
JR列车：从新宿到由布院大约需要4到5小时。
步骤：新宿站 -> 上野站 -> 前桥站 -> 由布院站。
高速巴士：从新宿到由布院大约需要3到4小时。
步骤：新宿站 -> 由布院站。
请根据您的具体需求和时间安排选择合适的交通方式。在出行前，建议您查看最新的时刻表和票价信息。
