北京99路公交撤销的原因可能有多个，以下是一些可能的因素：
1. 线路调整优化：随着北京市公交网络的不断优化和调整，为了提高公交运营效率和服务质量，可能会对部分线路进行调整或撤销。
2. 客流减少：随着城市交通的发展，部分线路可能因客流减少而不再具有运营价值。
3. 交通拥堵：如果某条线路经过的区域交通拥堵严重，可能会影响整个公交网络的运行效率，从而考虑撤销或调整。
4. 城市规划：城市发展规划的变化，如新区域的建设、老城区的改造等，也可能导致公交线路的调整。
5. 成本考虑：公交线路的运营成本较高，如果某条线路成本效益不佳，可能会被撤销。
具体的撤销原因需要根据北京市公交管理部门的相关公告或解释来确定。如果您想了解更详细的信息，可以查阅北京市公交集团的官方网站或联系相关部门。
