深圳巴士公交公司运营城市公共交通，需要办理以下证件：
1. 营业执照：这是企业合法经营的基本凭证。
2. 道路运输经营许可证：根据《中华人民共和国道路运输条例》，从事城市公交客运业务的单位必须取得道路运输经营许可证。
3. 城市公交客运经营许可证：这是由交通运输部门颁发的，允许企业从事城市公交客运业务的专门许可证。
4. 车辆道路运输证：每辆运营车辆都需要有此证，证明车辆符合道路运输条件。
5. 车辆检验合格证：车辆需要定期进行安全技术检验，合格后才能投入运营。
6. 安全生产许可证：根据《安全生产许可证条例》，企业需要取得安全生产许可证。
7. 从业人员资格证：驾驶员和其他相关人员需要取得相应的从业资格证。
8. 环保许可证：公交企业需符合环保要求，取得环保许可证。
9. 消防安全检查合格证：企业需要通过消防安全检查，取得合格证。
10. 卫生许可证：公交车辆和站场需要符合卫生要求，取得卫生许可证。
这些证件是深圳巴士公交公司合法运营的基本条件，企业需定期进行审核和更新。如需更详细的信息，建议咨询深圳市交通运输部门或相关行业管理机构。
