Y516车次消失可能有以下几个原因：
1. 线路调整：铁路部门为了优化线路布局，提高运输效率，可能会对列车运行图进行调整。如果Y516车次运行线路不再被需要，或者线路被废弃，那么该车次可能会被取消。
2. 车辆更新：随着铁路车辆技术的更新换代，一些老旧车型可能被淘汰。如果Y516车次使用的车辆不符合当前标准，可能会被取消。
3. 客流减少：如果Y516车次所经过的线路或者停靠的站点客流减少，导致该车次的经济效益不理想，铁路部门可能会取消该车次。
4. 政策调整：国家铁路运输政策的变化也可能导致某些车次的取消。例如，为了节能减排或者优化资源配置，一些车次可能会被淘汰。
5. 其他原因：如自然灾害、施工等原因也可能导致车次取消。
具体到Y516车次，需要根据铁路部门发布的官方信息来确定其消失的具体原因。如果需要了解详细信息，可以咨询铁路客服或者关注铁路官方发布的通告。
